Sunday, November 8, 2020

Mutasi Baru di Denmark: Ancaman Terbesar Terhadap Keberkesanan Vaksin COVID-19

Setelah beberapa ketika kita mendengar perkhabaran mutasi D614G yang mula tular di negara kita, mula dikesan di Kedah melalui kluster Sivagangga dan kini menjadi jenis virus utama di Malaysia terutamanya di Sabah. Walaupun mutasi ini dikatakan lebih mudah cepat merebak, ianya dijangka tidak memberi kesan negatif terhadap keberkesanan vaksin (yang dalam 'pipeline') pada masa akan datang kerana mutasi yang berlaku bukanlah pada antigen utama yang digunakan untuk penghasilan vaksin, iaitu spike protein.

Mutasi Baru Pada 'spike protein'

Namun, baru-baru ini, dunia digemparkqn dengan laporan mengatakan telah wujud satu satu lagi jenis mutasi pada spike protein virus COVID-19 di Denmark melalui transmisi zoonotik antara manusia dengan cerpelai (mink). Ceperlai atau mink merupakan 'haiwan ternakan' terbesar di Denmark kerana negara ini menggunakan haiwan ini untuk menghasilkan pelbagai jenis produk berasaskan bulu cerpelai.

Virus SARS-CoV-2 penyebab COVID-19 dikatakan telah 'melompat' ke hos lain cerpelai (dikenali sebagai proses zoonosis) dan kesan 'pengeraman' dalam kalangan ceperlai ini telah menghasilkan varian virus dengan mutasi yang baru. Berbeza dengan mutasi D614G yang selalu diperkatakan, mutasi terbaru ini jauh lebih mengancam kerana proses mutasi ini didakwa telah berlaku pada amino acid yang melibatkan struktur spike protein virus, iaitu protin penting dalam mod kemasukan virus dalam sel manusia melalui interaksi dengan protin ACE2 (angiotensin-converting enzyme 2).

Impak Terhadap Keberkesanan Vaksin

Mutasi yang berlaku pada 'spike protein' ini bermakna kemungkinan besar struktur 'spike protein' tersebut juga akan berubah. Ini sudah tentu akan menyebabkan antibodi yang akan terhasil daripada vaksin yang sedang dihasilkan sekarang (kini kebanyakannya di fasa tiga percubaan klinikal) juga tidak akan berkesan terhadap jangkitan varian virus daripada jenis mutasi baru Denmark ini. Teori ini bukan sahaja omongan kosong, bahkan ujian awal menggunakan antibodi sedia ada (daripada varian asal) terhadap varian virus baru daripada jenis mutasi Denmark ini juga menunjukkan kesan negatif, iaitu keberkesanan antibodi tidak memberangsangkan - memberi gambaran awal bahawa keberkesanan vaksin pada masa akan datang juga mungkin akan terjejas. Maka, proses untuk 'melawan' varian virus daripada mutasi baru ini akan lebih mencabar dan kemungkinan akan memerlukan penghasilan vaksin yang baharu serta mengambil masa yang lebih panjang.

Paling membimbangkan, telah terdapat beberapa kes jangkitan daripada jenis virus ini dalam kalangan manusia. Jika ianya gagal dibendung, dunia bakal berhadapan gelombang pandemik yang seterusnya dan terpaksa menunggu lebih lama untuk mendapatkan vaksin yang berkesan. Ianya mungkin akan menjadi satu yang berulang atau 'dejavu'.




Sejauhmanakah Keseriusan Mutasi Baru ini?

Walaupun masih belum ada kajian yang terperinci dan bukti yang jelas akan kesinambungan virus jenis baru ini, para saintis mula meletakkan perhatian yang mendalam dan serius terhadap potensi ancaman ini. Kerajaan Denmark mengambil kejadian ini sebagai suatu yang serius dan membuat tindakan drastik dengan menghapuskan sekitar 17 juta cerpelai secara besar-besaran bagi membendung penularan wabak daripada varian virus jenis baru ini. Selain itu seluruh kawasan utara Denmark turut menerima perintah berkurung ekoran penularan varian virus jenis baru tersebut. Suatu tindakan yang bukan remeh dan jelas menampakkan keseriusannya.

WHO pula seperti biasa masih menekankan aspek penelitian 'evidence-based' dan masih meletakkan situasi ini sebagai suatu yang belum jelas memandangkan tiada bukti saintifik yang jelas untuk mengaitkan varian virus jenis baru ini dengan kebolehan pandemik baru. Hal ini juga disokong oleh segelintir ahli virologi kerana masih tiada kajian terperinci dijalankan. Namun, semua hakikat ini mungkin akan berubah apabila data dan dapatan baru muncul dalam beberapa bulan pada akan datang.

Terlalu banyak yang tidak diketahui akan varian virus baru ini. Antaranya ialah adakah varian virus baru ini memiliki keupayaan untuk menyebabkan kematian dalam kalangan manusia? Adakah struktur spike protein tersebut benar-benar terjejas (perlu analisis mendalam oleh ahli biologi struktur)? Setakat ini, urutan genom DNA (genome sequence) bagi varian virus baru tersebut masih belum disebarkan pada khalayak komuniti saintis. Maka, amat sukar untuk para saintis menentukan hakikat yang sebenar. Selain itu, kita juga tidak pasti sejauhmanakah kemampuan virus ini menular, memandangkan spike protein yang digunakan untuk menyerang sel manusia itu sendiri terjejas - maka secara teorinya proses kebolehjangkitan juga mungkin akan sedikit terjejas. Begitu juga kadar kebolehjangkitan sesama manusia. Semuanya memerlukan penelitian yang lebih mendalam. 

Apa yang pasti, kemampuan virus SARS-CoV-2 dalam merebak kepada ceperlai merupakan satu petanda yang kurang baik kerana untuk menghapuskan (eradicate) sesuatu wabak, agen jangkitan tersebut perlulah hanya memiliki satu hos. Namun, nampak gayanya - proses eradikasi virus penyebab COVID-19 ini akan menjadi jauh lebih sukar daripada apa yang disangkakan. Vaksin mungkin hanya akan menjadi jalan penyelesaian sementara terhadap jangkitan COVID-19 seperti mana yang berlaku terhadap wabak flu yang kini bersifat bermusim (seasonal) dan memiliki banyak varian.

Apa sekalipun, masyarakat dinasihatkan supaya tidak terlalu panik kerana kes yang berlaku masih dalam siasatan awal dan memerlukan kajian terperinci. Apa yang lebih penting ialah setiap individu perlu menjaga SOP sebaik mungkin seperti yang ditetapkan oleh pihak berautoriti. Ambillah iktibar daripada kes-kes seperti ini untuk sentiasa hidup dalam norma baharu.


Rujukan berita:





Friday, October 2, 2020

Kenapa keputusan negatif saringan COVID-19 seusia awal waktu jangkitan jangan sesekali diambil ringan daripada perintah kuarantin?

Antara salah satu kelemahan saringan menggunakan rtPCR (reverse transcriptase polymerase chain reaction) yang ramai orang awam bahkan orang atasan sekalipun tidak faham ialah kadar kemungkinan berlakunya keputusan 'False Negative' sentiasa ada. 

 

Bagi yang tidak biasa dengan terminologi inti, 'false negative' bermaksud keputusan saringan yang negatif tersebut sebenarnya tidak tepat (dan  berkemampuan menjadi positif) atau lebih bersifat 'underestimate'. Manakala 'false positive' pula bererti keputusan saringan yang positif sebenarnya adalah negatif dan bersifat 'overestimate'. Kedua-dua jenis keputusan ini adalah kelemahan yang sentiasa wujud bagi mana-mana jenis ujian saringan menggunakan kaedah molekul biologi. 

 

rtPCR sebenarnya lebih dikait rapat dengan keputusan 'false positive' berbanding 'false negative' disebabkan kadar sensitiviti rtPCR yang cukup tinggi. Kaedah rtPCR ini mampu mengesan RNA virus walaupun pada kadar yang cukup sikit dengan melipatgandakan jumlah tersebut dalam jumlah yang besar pada skala 'exponential'. 

 

Kemungkinan keputusan 'false negative juga' turut ada. Dengan kadar keberkesanan bukan pada 100% tetapi hanya 96%, jumlah berbaki 4% ini merupakan kelemahan rtPCR itu sendiri. Namun, mengambil kira faktor teknikal yang lain termasuklah kesukaran dan cabaran dalam proses pengambilan sampel oleh frontliners (pemakaian PPE, panas, berpeluh) menyebabkan adakalanya sampel swab yang diambil tidak sempurna (tidak mengumpulkan sel yang dijangkiti), kesalahan teknikal melabel, kesalahan teknikal dalam proses penyimpanan sampel serta kesalahan teknikal di makmal dan lain-lain; maka, peratusan untuk berlakunya 'false negative' mungkin akan lebih tinggi. Sudah menjadi kebiasaan, dalam mengendalikan pengambilan dan ujian terhadap mana-mana sampel sekalipun, terutamanya dalam skala dan jumlah yang begitu banyak, pasti akan ada yang tidak dapat disempurnakan dengan baik. Maka, kebarangkalian sampel yang diambil melalui kaedah nasopharyhgeal dan throat swab ini untuk tidak mengandungi RNA virus juga sentiasa ada.

 

Apa yang lebih merisaukan ialah terdapat laporan kajian santifik oleh beberapa penyelidik (Kucirka et al., 2020; Woloshin et al., 2020; Paolo et al., 2020; Wiseman et al., 2020) yang telah memberi amaran awal sejak beberapa bulan yang lepas bahawa pelaksanaan ujian rtPCR seawal waktu jangkitan mampu menyumbang kepada false negative. Salah seorang penyelidik utama, Lauren Kucirka menyatakan bahawa "keputusan negatif, sama ada seseorang itu ada simtom atau tidak, tidak menjamin dia tidak dijangkiti oleh virus tersebut". Begitu juga seseorang yang telah terdedah kepada risiko tinggi jangkitan sepatutnya dianggap sebagai telah dijangkiti lagi-lagi jika memiliki gejala yang jelas (Kucirka et. al., 2020; Paolo et al., 2020). Hal ini kerana telah terbukti secara kajian, jika proses pengambilan sampel gagal mengumpulkan sel yang baru dijangkiti atau kandungan genetik (RNA) yang terlalu rendah - menyebabkan rtPCR tidak dapat menghasilkan keputusan yang positif. Mengikut kajian tersebut, kadar false negative mampu menjangkau sehingga 38 % sekiranya sampel diambil pada hari pertama hingga hari keenpat usia jangkitan. 

 

Dari perspektif pengurusan risiko, terutamanya dalam skop wabak COVID-19 ini, mengambil serius keputusan yang 'false positive' itu adalah perlu walaupun akan melibatkan kos masa, wang dan tenaga. Ianya bagus dari sudut mengurangkan risiko jangkitan walaupun bakal menambah nilai kos sampingan. Manakala mengambil enteng wujudnya keputusan 'false negative' itu pula perlu diteliti semula bagi mengurangkan risiko daripada terlepas pandang (under-estimate). Maka, dari sudut inilah pihak kerajaan sepatutnya mengambil langkah berjaga-jaga dalam melaksanakan arahan kuarantin 14 hari mandatori terhadap mana-mana individu yang memperoleh keputusan negatif pada 1-4 hari pertama sebelum diikuti dengan ujian saringan seterusnya terutamanya bagi mereka yang pulang dari kawasan berisiko dalam dalam isu ini ialah dari negeri Sabah, contohnya. Kegagalan mengambil berat akan isu 'false negative' ini mampu menyebabkan rantaian jangkitan bertambah teruk. Hal ini telah pun kita lihat dalam beberapa kes di mana individu yang awalnya diisytiharkan negatif, kembali semua positif setelah beberapa hari - sedangkan dia sendiri telah aktif bergerak dan bertemu dengan ramai orang membuat 'close contact'. 


 

Kegagalan melaksanakan saranan juga ini bererti pihak kerajaan secara amnya tidak effisien dalam mengurangkan risiko jangkitan dek kerana tidak meneliti secara baik segala aspek 'false positive' yang telah dinyatakan di atas. Kewujudan kes-kes false positif ini mungkin tidak pernah dipandang serius seawal PKP dahulu memandangkan skala jangkitan pada ketika itu sangat besar, maka perlu mengutamakan kes yang jelas termasuklah kes 'false positive'. Namun, pada peringkat PKPP ini - isu 'false negative' menjadi kritikal kerana kita berada di fasa bertahan atau membendung jangkitan daripada merebak semula ditambah lagi dengan kemunculan virus dari jenis D614G yang jauh lebih mudah tersebar berbanding strain yang asal. 


Paling tidak, kita perlu mengambil iktibar secara serius bahawa virus D614G inilah menjadi penyumbang terbesar terhadap 'kegagalan' negara-negara Barat dalam membendung jangkitan wabak ini beberapa bulan yang lepas, sambil kita masih berbangga dek kerana telah berjaya bertarung dengan COVID-19. Walhal pada ketika itu kita sebenarnya bertarung dnegan virus dari jenis asal (yang kurang kadar kebolehjangkitan) berbanding negara-negara Barat yang telah lama berhempas pulas dengan strain D614G. Mahu tidak mahu kita kena menerima hakikat ini sedalam-dalamnya. Pahit untuk ditelan tetapi andai kata tiada iktibar kita ambil, tidak mustahil akan berlaku lonjakan kes jangkitan jauh lebih besar daripada gelombang pertama - hampir pasti boleh berlaku dengan melihat kadar jangkitan yang telah wujud sekarang! Kemungkinan besar PKP perlu dilaksanankan semula, sesuatu mimpi ngeri bagi kebanyakan masyarakat dan impaknya terhadap ekonomi negara amat jelas. 

 

Maka, buat masyarakat marhaen, jadikanlah SOP itu satu normal baharu yang sentiasa kekal dalam setiap tindak tanduk harian kita. Bagi golongan politik, sudah-sudahlah berpolitik secara keterlaluan. Ketahuilah, rakyat sudah mula jelek dan benci dengan sikap mementingkan diri sendiri dan perebutan kuasa yang ada. Jangan sampai rakyat bangkit dan luahkan kejelekan ini pada PRU akan datang. Kesabaran rakyat juga ada hadnya. 


Rujukan lanjut:

1.    https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMp2015897

2.    https://www.acpjournals.org/doi/10.7326/M20-1495

3.    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7357270/

4.    https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2213007120303531

5.    False positive - https://www.thelancet.com/journals/lanres/article/PIIS2213-2600(20)30453-7/fulltext

Sunday, August 16, 2020

COVID-19: Ada Apa Dengan Mutasi D614G ?

Amaran: 

Penulisan ini akan melibatkan serba sediki kefahaman biologi molekul dan terdapat beberapa jargon saintifik yang digunapakai. Para pembaca tidak perlu terlalu cuba untuk memahami setiap jargon, memadai dengan hanya memahami konsep.  


Latar Belakang

    baru-baru ini, mula hangat diperkatakan kemunculan virus penyebab COVID-19 dari jenis baru, yang dikenali sebagai D614G. Ianya mungkin baru di negara kita dengan penemuan sampel yang diperoleh dari kluster Sivaganga tetapi virus dari jenis ini sudah berada di dalam kitaran jangkitan sebenarnya sudah bermula sejak di hujung Januari 2020. Kemunculan di Malaysia bukanlah suatu perkara yang mengejutkan kerana lambat laun, virus baru yang bermutasi ini tetap akan mendominasi dunia selagi mana tiada vaksin yang berkesan. Untuk memahami dengan lebih lanjut tentang virus dari jenis baru ini, kita perlu memahami apakah itu yang dimaksudkan dengan mutasi D614G.

 

Ada apa dengan mutasi D614? 

Sedikit pengenalan dalam bidang biologi molekul buat anda para pembaca. 


    D614 ini ialah singkatan kepada kedudukan tepat amino acid ataupun juga disebut sebagai kodon (bahasa saintifik). Amino acid merupakan sejenis protin paling ringkas yang membentuk struktur protin yang lebih besar. Setiap amino acid dibentuk oleh tiga digit DNA yang disebut sebagai kodon. Sekiranya berlaku pertukaran pada salah satu daripada tiga digit DNA ini, maka codon atau amino acid juga akan bertukar. Inilah yang dinamakan mutasi secara pertukaran. 


Setiap amino acid memiliki sistem pengabjadannya. Dalam kes ini, D614 merujuk kepada kedudukan amino acid dari jenis D, iaitu aspartic acid pada lokasi amino acid ke-614. Maka, mutasi D614 bermaksud telah berlaku mutasi pada amino acid ke-614 ini dan dalam kes virus penyebab COVID-19 ini ianya telah berubah kepada amino acid dari jenis G, iaitu glycine. Dari sudut saintifik, perubahan genetik ini (mutasi) biasanya akan disebut sebagai D614G atau sesetengah laporan akan merujuk jenis virus asal dengan D614 dan jenis virus yang telah berubah melalui mutasi sebagai G614. G614 dan D614G adalah sama, hanya cara ditulis berbeza, jadi jangan pening-pening fikir. 





Virus D614 VS virus G614 

    Jadi, adakah wujud perbezaan antara virus dari jenis D614 dengan virus dari jenis G614 ini? Secara ringkasnya, populasi virus pada awal kes pandemik kebanyakannya didominasi oleh virus dari jenis D614 yang pertama kali dijumpai di Wuhan, China. Kemunculan virus yang bermutasi dari jenis G614 pula hanya mula dijumpai sekitar hujung Januari 2020 di negara Eropah. 


Oh ya, virus dari jenis D614G bukanlah satu-satunya virus yang bermutasi, bahkan terlalu banyak mutasi telah berlaku. Cumanya, virus dari jenis D614G ini satu-satunya telah mula mendominasi jangkitan pada peringkat global. 


Sama ada virus G614 ini datang daripada China atau dari negara lain seperti Eropah itu belum dipastikan namun virus dari jenis G614 kini mula mendominasi kes jangkitan di pelusuk dunia menenggelamkan jumlah jangkitan oleh virus dari jenis D614. 




Adakah virus dari jenis D614G atau G614 ini lebih mudah berjangkit?

    Dari aspek kebolehjangkitan, virus dari jenis G614 dikatakan memiliki tahap yang jauh lebih tinggi, iaitu 10 kali ganda berbanding virus dari jenis D614. Hal ini telah dilaporkan oleh Korber et al., (2020) dan Li et al., (2020) yang masing-masing mengaitkan dengan peningkatan kadar muatan virus (viral load) pada pesakit dan 10 kali ganda kemampuan menjangkiti sel-sel lain. Namun, harus difahami juga bahawa kedua-dua kajian ini hanya tertakluk kepada beberapa tanggapan (assumptions) berikut:

 

1. Peningkatan kadar muatan virus tidak menggambarkan kemampuan transmisi bagi virus tersebut. Kebanyakan penyebaran wabak berlaku semasa fasa pre-asimtomatik tetapi kajian oleh Korber et al., (2020) hanya mengambil kira pesakit pada fasa simtomatik. 


2. Kajian yang dilakukan oleh Li et al., (2020) pula hanya mengambil kira tanggapan melalui in vitro (sel-sel dalam petri dish) tetapi bukanlah secara in vivo (interaksi sesama hos dan protein). 

 

Jadi adakah virus D614G (atau G614) ini memiliki kebolehjangkitan yang jauh lebih tinggi? Secara mudah, kajian Sains masih tiada kata putus yang jelas (baca sebagai tiada data yang jelas dan mencukupi). Namun, adalah lebih baik untuk sesiapa sahaja sentiasa berwaspada. 


Adakah virus D614G atau G614 ini lebih berbahaya (baca membunuh)?

    Untuk mengatakan virus D614G lebih berbahaya disebabkan oleh pengikatan kadar muatan virus (viral load), ianya tiada hubung kait dengan kadar bahayanya penyakit COVID-19 ini. Hal ini telah dilaporkan oleh Lorenzo-Redondo (2020) telah mendapati kadar muatan virus (viral load) tidak memainkan peranan terhadap kadar keterukan jangkitan tersebut tetapi lebih membantu kepada kadar kebolehjangkitan virus tersebut. 

 

Logiknya, dari sudut evolusi sesuatu virus, adalah penting untuk memastikan hos atau perumah yang ingin dijangkiti itu terus hidup. Tanpa hos, virus tidak boleh bercambah. Maka, secara amnya, virus yang ingin terus bermandiri tidak akan membunuh hosnya (manusia) atau paling tidak, tidak akan menyebabkan simtom jangkitan yang teruk sehingga tidak mampu bergerak dan aktif. Pergerakan hos yang aktif dan keadaan yang sihat diperlukan oleh coronavirus untuk terus bermandiri dan berkitar dalam komuniti manusia. 

 

Oleh itu, adalah logik mutasi yang terhasil itu mungkin mewujudkan virus yang memiliki kadar keterukan jangkitan yang lebih rendah bagi meningkatkan kadar kebolehjangkitan. Hal ini boleh berlaku melalui proses tekanan selektif (selective pressure), di mana hanya virus yang memiliki sifat kebolehjangkitan yang tinggi dengan kadar keterukan jangkitan yang rendah sahaya dipilih untuk terus berkitar dan bercambah dalam sesuatu komuniti. Manakala virus-virus asal seperti D614 yang memiliki kadar keterukan jangkitan akan dihilangkan dari kitaran jangkitan melalui saringan proaktif pihak jabatan kesihatan. 

 

Maka, virus D614G ini mungkin tidak jauh lebih atau sama bahaya dengan virus asal D614 tetapi mungkin lebih mudah berjangkit. 


Dari sudut pandang yang lain pula, dengan meningkatnya kadar kebolehjangkitan juga bererti pengawalan jangkitan COVID-19 akan menjadi lebih susah. Mungkin, sesetengah pihak boleh mentafsirkan - virus dari jenis baru ini mungkin lebih berbahaya kerana tahap ketersampaiannya terhadap pesakit berisiko juga akan meningkat, lantas boleh meningkatkan kadar kematian. Sejauhmanakah ianya akan menyebabkan kematian, kita tidak pasti. Yang kita pasti - jangkitan pada kluster Sivaganga serba sedikit memberi kita isyarat bahawa virus daripada jenis ini tidak boleh dipandang enteng.



Apa impak mutasi D614G ini terhadap aspek rawatan terapeutik dan pembangunan vaksin?

Sudah pasti ramai tertanya-tanya, apakah impak dengan wujud virus dari jenis D614G atau G614 ini?

 

Ada dua sudut yang boleh saya sampaikan: (1) Dari sudut rawatan terapeutik (ubat-ubatan) dan (2) dari aspek pembangunan vaksin. 

 

Impak terhadap rawatan terapeutik 

Memandangkan mutasi pada virus DG614 ini telah berlaku pada spike protin, maka pada ketika ini para saintis telah memberi amaran kemungkinan besar impaknya lebih kepada keberkesanan ubatan yang menjadikan spike protin sebagai sasaran rawatan, contohnya, ubatan yang digunakan untuk menghalang kemasukan virus ke dalam hos melalui mekanisme spike protin. Namun, bagi ubat-ubatan yang tidak bergantung kepada sifat menghalang spike protein seperti dexamethasone, medrol, remdesivir dan lain-lain, keberkesanan ubat-ubatan tersebut mungkin tidak akan terjejas. 




Impak terhadap pembangunan vaksin

Mutasi pada amino acid D614G tersebut kemungkinan besar tidak akan memberikan apa-apa impak terhadap keberkesanan vaksin yang akan muncul di pasaran kelak. Hal ini kerana mutasi D614G itu berlaku pada struktur spike protein sahaja dan kebarangkalian besar tidak akan memberi sebarang kesan terhadap tahap immunogenik yang dimiliki oleh epitope receptor binding domain (RBD), iaitu domain protein yang berperanan besar dalam berinterkasi dengan angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). Hal ini disokong oleh beberapa kajian yang menunjukkan bahawa perubahan genetik pada D614G tidak menghalang peranan antibodi dalam menyahkan virus, bererti antibodi tetap boleh berfungsi pada virus dari jenis D614G. 

 

Ianya sudah pasti satu berita yang melegakan bagi kita kerana mutasi pada D614G tidak mungkin akan menghampakan usaha pembangunan vaksin yang sedang dijalankan, yang mana sesetengah vaksin tersebut sememangnya dibuat untuk mensasarkan RBD. Berdasarkan asas ini, tiada keperluan untuk membangunkan vaksin yang kedua pada ketika ini.

 

Namun, para saintis tidak menolak kemungkinan mutasi pada D614G ini boleh memberi kelebihan kepada virus tersebut untuk lebih mudah 'melekat' pada sel hos. Hal ini berdasarkan kepada kajian model struktur protin yang mendapati mutasi tersebut memberi ruang kepada spike protein untuk berada dalam keadaan sentiasa bersedia untuk melekat pada sel hos, lalu meningkatkan kadar kebolehjangkitan. 


Kesimpulan

Penularan virus dari jenis D614G baru-baru ini benar-benar memberi satu tamparan dan cabaran hebat terhadap barisan hadapan. Virus D614G secara pemerhatiannya ternyata memiliki kapasiti kebolehjangkitan yang tinggi berbanding daripada virus jenis asal. Walaupun kadar keterukan jangkitannya mungkin tidak jauh lebih berbahaya daripada virus asal, tahap penularannya agak membimbangkan dan boleh membantutkan proses pengawalan wabak ini secara berkesan. Mutasi yang berlaku dijangkakan tidak akan memberi kesan yang besar terhadap keberkesanan vaksin yang sedang dibangunkan. Namun, ianya mungkin akan menjejaskan ubat-ubatan yang mensasarkan spike protein. 


Masyarakat khususnya orang awam perlu lebih berwaspada dan lebih tegas dalam mengikuti SOP yang sedia ada. Tanpa kerjasama orang awam, usaha membanteras penularan melalui contact tracing oleh pihak KKM akan menjadi lebih mencabar dan sia-siap. Kes kluster Sivaganga memberi pengajaran baru kepada kita bahawa usaha pematuhan SOP bukanlah untuk menyusahkan rakyat tetapi untuk kebaikan bersama. 



______________________________


Rujukan:

Korber et al., (2020)

 

Li et al., (2020)

 

Grubauh et al., (2020) 

 

Lorenzo-Redondo (2020)

 

 Petersen et al., (2020) 

 

 



Sunday, January 26, 2020

Koronavirus Nobel Wuhan: Sains Virologi & Tujuh Pengajaran Buat Umat Islam

Satu wabak jangkitan baru yang selama ini tidak diketahui oleh Sains - kini telah menyebabkan penyakit jangkitan akut paru-paru (pneumonia) di negara China dan telah mula tersebar ke negara-negara lain.

            Setakat ini, lebih kurang 41 orang telah diketahui meninggal dunia disebabkan oleh jangkitan koronavirus nobel baru ini. Kebanyakannya telah banyak berlaku di sebuah bandar China, iaitu Wuhan yang berpopulasi sekitar 11 juta rakyat bermula pada bulan Disember lepas. Sekitar lebih daripada 800 kes telah terbukti terkena jangkitan ini dan jumlah ini dijangka semakin meningkat dari masa ke masa.

Gambar menunjukkan imej coronavirus nobel 2019 baru-baru ini yang diambil menggunakan mikroscop elektron.


Teori Kemunculan Koronavirus Nobel
            Koronavirus baru ini dianggap nobel (unik) kerana ianya bukan virus asal menghuni dalam persekitaran manusia tetapi saintis percaya ianya kemungkinan besar berasal daripada koronavirus yang menjangkiti haiwan. Tambahan lagi, melalui persamaan analisis terhadap susunan protein koronavirus tersebut, saintis mendapati koronavirus ini kemungkinan besar berasal daripada ular. Namun, terdapat segelintir para saintis tidak begitu bersetuju dengan dapatan ini kerana ianya tidak mampu menjelaskan bagaimana virus tersebut dapat melompat daripada haiwan reptilia (berdarah sejuk) kepada manusia yang berdarah panas. Terdapat beberapa teori yang boleh dispekulasikan dalam hal ini. Pertama, koronavirus tersebut mungkin memang telah berasal daripada ular tetapi telah mengalami proses mutasi dan telah 'bergabung' dengan koronavirus yang berasal daripada haiwan lain, lalu menghasilkan koronavirus yang baru dan memiliki kelebihan untuk menyerang sel manusia. Teori yang kedua, coronavirus ini mungkin juga telah melompat terlebih dahulu ke haiwan mamalia, iaitu hos pengantara, berevolusi sebelum melompat kepada manusia. Buat masa sekarang, agak sukar untuk menentukan teori mana yang tepat memandangkan kebanyakan haiwan di pasar-pasar Wuhan telah pun dihapuskan oleh pihak berkuasa. Pada pandangan penulis, teori yang kedua adalah lebih relevan memandangkan koronavirus nobel baru-baru ini juga memiliki perkaitan rapat dengan koronavirus penyebab kepada (severe acute respiratory syndrome) SARS dan (middle east respiratory syndrome) MERS dulu. Kedua-dua koronavirus penyebab SARS dan MERS berpunca daripada kelawar, namun masing-masing melibatkan hos pengantara iaitu sejenis kucing liar (Civet) dan unta (lihat gambar rajah).

Proses zoonosis yang berlaku pada virus penyebab SARS dan MERS suatu ketika dahulu

Kenapa hanya sekarang koronavirus nobel ini muncul?
            Persoalan ini selalu diutarakan oleh mereka yang skeptikal dengan realiti yang berlaku. Ada benarnya untuk memiliki sikap skeptikal demikian. Kenapa hanya baru sekarang ianya muncul? Sedangkan kewujudan aktiviti memakan haiwan eksotik di China telah lama berlaku? Jawapannya ialah kemampuan untuk koronavirus ini melompat ke manusia bergantung kepada kebolehannya berevolusi dan bermutasi. Untuk berevolusi dan mutasi, virus dari jenis ini perlu melalui proses rekombinasi genetik dan ianya hanya boleh berlaku jika koronavirus nobel ini menjangkiti sesuatu hos bersama jangkitan koronavirus dari jenis yang lain. Kedua-dua faktor genetik daripada kedua-dua jenis ini kemudiannya mampu bergabung menghasilkan koronavirus jenis baru. Maka, proses ini benar-benar memerlukan aktiviti percampuran pelbagai hos (haiwan-haiwan dan manusia). Namun begitu, kebarangkalian untuk terhasil sesuatu virus yang efisien terhadap sistem manusia juga tidak semudah itu. Ianya sudah pasti memerlukan aktiviti percampuran antara haiwan liar dan manusia dengan kadar yang rancak (lama dan berterusan). 

Proses mutasi koronavirus mampu menghasilkan koronavirus jenis baru yang mampu menjangkiti manusia. Mutasi seperti perubahan susunan DNA yang berperanan menghasilkan protein luaran membolehkan koronavirus ini menyerang sel dari jens manusia.

            Sekali imbas, mungkin agak mustahil proses ini boleh berlaku dalam suasana di negara kita, malangnya, aktiviti percampuran pelbagai jenis hos yang rancak ini benar-benar berlaku di sekitar pasar-pasar di Wuhan secara ekstrim. Pelbagai jenis haiwan liar dicampurkan dengan begitu dekat dan tiada seliaan daripada pihak berkuasa. Rakaman video yang viral di laman sesawang menunjukkan pada satu-satu masa dan tempat, contohnya, pelbagai haiwan liar seperti itik, ayam, kucing, musang dan babi telah ditempatkan begitu dekat sekali - sudah tentu merancakkan lagi proses lompatan dan mutasi virus-virus ini. Mungkin tertanya-tanya, kenapa pula proses ini tidak berlaku di tempat pengumpulan haiwan lain-lain seperti zoo? Jawapannya, di zoo, percampuran secara langsung tidak berlaku. Haiwan-haiwan liar diasingkan dan ditempatkan jauh sesama sendiri. Jadi proses lompatan virus tidak berlaku dengan rancak. Faktor kebersihan dan kesihatan haiwan juga dikawal rapai oleh penjaga zoo. 

Aktiviti percampuran haiwan-haiwan liar yang tidak dikawal selia antara punca utama koronavirus nobel Wuhan ini muncul. 

Adakah koronavirus nobel ini berbahaya?
Setakat ini, peratusan kematian daripada jumlah kes yang dicatatkan ialah sekitar 2-3%, iaitu agak rendah berbanding dengan jangkitan SARS pada tahun 2003 lalu yang mencatatkan sekitar 10% kadar kematian. Walaupun lebih rendah, peratusan tersebut tidak boleh terlalu digunapakai pada masa sekarang kerana ianya masih awal untuk meramalkan keseluruhan jangkitan. Koronavirus nobel ini tidak mustahil untuk mendapatkan momentum lebih tinggi dalam menyebarkan jangkitan dari manusia ke manusia disebabkan proses adaptasi dan mutasi yang berlaku. Lebih merisaukan, sesetengah pesakit didapati tidak memiliki sebarang gejala demam - menyebabkan usaha mengenal pasti dan kuarantin agak sukar dilakukan. Kebanyakan kematian pada ketika ini melibatkan golongan tua yang memiliki daya tahan imun sistem yang rendah. 
            Namun demikian, analisis terhadap 41 pesakit pertama yang dijangkiti koronavirus ini mendapati koronavirus nobel baru ini bertindak seperti SARS dan MERS. Seperti kedua-dua wabak tersebut, koronavirus baru ini juga menyebabkan jangkitan paru-paru atau dalam bahasa klinikalnya ialah pneumonia. Berbanding dengan SARS dan MERS, koronavirus baru ini jarang menghasilkan simtom selsema dan simtom-simtom berkaitan usus (intestinal symtoms). Jangkitan wabak baru ini bermula dengan kemunculan simtom demam panas, batuk-batuk dan lemah badan. Simtom-simtom ini kemudiannya berlipat ganda secara mendadak, dan biasanya pesakit akan mula mengadu dan hadir ke pihak hospital dengan sindrom akut pernafasan (acute respiratory disease syndrome, ARDS)

Garis masa progres jangkitan koronavirus nobel Wuhan terhadap pesakit

Sejauh manakah berjangkitnya koronavirus nobel ini?
Kedua-dua jangkitan koronavirus yang menyebabkan SARS dan MERS, masing-masing tidak menunjukkan kemampuan bermandiri yang setanding dengan virus penyebab influenza. Namun demikian, memandangkan keluarga koronavirus ini juga merupakan penyebab kepada demam selsema biasa (common cold), ianya dikuatiri mampu memiliki kapasiti tersebut jika diberi masa untuk lebih berevolusi. Sama juga seperti koronavirus penyebab kepada SARS dan MERS, koronavirus nobel Wuhan ini juga dikenalpasiti mampu menjangkiti melalui transmisi manusia-ke-manusia. 

            Dalam bidang epidemiologi, terdapat satu cara untuk menentukan kadar berjangkitnya sesuatu virus. Pakar ahli epidemiologi menggunakan Angka Asas Reproduksi (Basic Reproduction Number) atau singkatannya RO bagi menentukan kadar kebolehjangkitan sesuatu virus. Angka asas reproduksi, R0, ini memiliki julat yang tertentu. Jika angka tersebut melebih > nilai 1, maka sesuatu jenis jangkitan itu mampu bermandiri dan terus berjangkit. Sebagai contoh, jangkitan koronavirus penyebab kepada SARS memiliki purata R0 sekitar 2 dan 5. Ini bermaksud, satu individu yang dijangkiti koronavirus SARS memiliki kemampuan untuk menjangkiti dua dan lima individu lain. Contoh virus yang memiliki kebolehjangkitan yang sangat tinggi ialah virus penyebab kepada Campak atau Measles. Virus ini memiliki R0 sekitar 12 dan 18, iaitu seorang pembawa jangkitan mampu menyebabkan 11 dan 18 orang lagi berjangkit. 
            
            Bagi koronavirus nobel Wuhan ini, para saintis berbeza dapatan kerana masih belum memiliki data yang mencukupi di samping wujud limitasi oleh kerahsiaan pihak kerajaan China dalam mendedahkan jumlah sebenar jangkitan. Namun, secara purata, R0 bagi jangkitan koronavirus nobel Wuhan yang dianggarkan oleh pihak WHO ialah sekitar 1.4 dan 2.5. Manakala, hasil kajian daripada Jonathan Read dari Lancaster University pula menganggarkan angka R0 yang lebih tinggi sekitar 3.6 dan 4.0. Angka ini dibuat dengan tanggapan bahawa hanya lebih kurang 5% kes sahaja yang berjaya dikenalpasti pada ketika ini, jumlah kes yang sebenar kemungkinan jauh lebih tinggi daripada angka yang dilaporkan. Walaupun angka R0 ini tinggi, ianya tidak melambangkan kadar jangkitan yang sebenar kerana ianya juga bergantung kepada faktor lain seperti cara virus tersebut disebarkan dan juga sekiranya langkah pencegahan dan kuarantin dijalankan dengan baik.

Kadar jangkitan sesuatu jangkitan bergantung kepada angka asas reproduksi, R0. Semakin tinggi R0, semakin tinggi kebolehjangkitan sesuatu virus itu. 


Wujudkah ubatan dalam melawan jangkitan koronavirus ini?
Setakat ini, tiada ubatan specifik terhadap jangkitan koronavirus ini. Jika disebut ubatan, ianya merujuk kepada langkah pencegahan (prophylaxis) menggunakan vaksin dan langkah rawatan (therapeutic) menggunakan ubatan antiviral. Malangnya, kedua-dua jenis ubatan ini masih tiada bagi koronavirus nobel ini. Buat masa ini, pengurusan jangkitan hanya mengkhususkan dalam menghilang simtom-simtom jangkitan. Usaha-usaha untuk menghasilkan vaksin oleh beberapa kumpulan kajian daripada beberapa buah negara sedang giat dijalankan. 


Polemik penghasilan ubatan (therapeutic) melawan koronavirus
Antara salah satu sebab kenapa ubatan bagi merawat penyakit jangkitan wabak koronavirus ini sukar dihasilkan ialah seperti wabak jangkitan SARS dan MERS, tempoh bergolak wabak ini pada manusia hanyalah sekitar 6 bulan. Apabila sesuatu ubatan itu telah siap dihasilkan, wabak jangkitan manusia telah berjaya dikawal. Maka, untuk membuat percubaan klinikal pada ketika sudah tidak relevan kerana sudah terlambat. Jika ubatan tersebut berjaya melepasi percubaan klinikal sekalipun, ubatan tersebut pada ketika itu mungkin sudah tiada pasaran disebabkan bilangan kes yang kecil dan terpencil. Atas faktor ini juga, syarikat-syarikat farmaseutikal kurang berminat dalam menghasilkan ubatan dalam menangani wabak-wabak seperti ini. Untuk mengatasi isu ini, beberapa orang saintis kini mula mengambil inisiatif mencari ubatan (antiviral) atau bahan kimia yang memiliki spektrum kebersanan yang luas bukan sahaja terhadap koronavirus tetapi juga terhadap virus-virus lain yang berkaitan. Dengan usaha ini, diharapkan syarikat-syarikat farmaseutikal memiliki minat untuk turut serta melabur penghasilkan antiviral tersebut. Jika berjaya, antiviral ini mungkin akan wujud di pasaran dan sentiasa bersedia untuk digunakan pada masa akan datang sekiranya berlaku lagi wabak jangkitan. 

Jika tiada ubat, apa langkah-langkah yang ada?
Konsep dalam menangani wabak koronavirus nobel kini lebih berfokus kepada langkah pencegahan. Pencegahan menjadi benteng terakhir dalam proses menangani penyebaran wabak koronavirus nobel ini. Orang ramai perlu memastikan kebersihan menjadi satu keutamaan dalam setiap keadaan. Pastikan tangan sentiasa dibasuh dan elakkan daripada berinteraksi secara langsung dengan mereka yang dijangkiti. Pemakaian topeng muka terutamanya dari jenis N95 juga merupakan salah satu tindakan yang wajar diambil bagi mengurangkan tahap pendedahan terhadap koronavirus ini. Sekiranya terdapat simtom-simtom yang berkaitan seperti demam dan diketahui pernah secara langsung berinteraksi dengan mana-mana individu yang dikhuatiri dijangkiti, segeralah mendapatkan rawatan di mana-mana klinik ataupun hospital terdakat bagi membolehkan ujian saringan dilakukan. 

            Buat masa ini, keadaan di Malaysia masih terkawal walaupun sudah empat orang dikenalpasti membawa jangkitan tersebut. Namun, pihak KKM dan agensinya sedang bertindak dengan baik bagi memastikan wabak ini terkawal di Malaysia. Masyarakat Malaysia tidak perlu panik namun perlu memastikan sentiasa mengamalkan langkah-langkah berjaga-jaga dan menjaga tahap kebersihan seperti di atas. Kuarantin oleh pihak hospital atau KKM adalah tindakan yang paling wajar kerana para pesakit yang dijangkiti akan sentiasa dipantau dari masa ke masa bagi memastikan intervensi segera boleh diambil dan tiada jangkitan kepada individu lain berlaku. Memandangkan terdapat kebarangkalian koronavirus nobel baru ini mampu tersebar melalui mata, petugas kesihatan benteng hadapan kini telah diwajibkan untuk memakai kaca mata pelindung (safety goggle) sebagai langkah berjaga-jaga.

Pengajaran dari perspektif seorang Muslim
Penyebaran wabak jangkitan seperti koronavirus nobel Wuhan ini jelas memperingatkan kita akan beberapa perkara. Pertama, tahap kebersihan perlulah sentiasa dijaga tidak kira dalam apa jua perkara tambahan lagi dalam situasi sebegini yang mana ianya boleh menentukan tahap kebolehjangkitan sesuatu virus tersebut. 

Dari Abu Malik al-As'hari berkata : Sabda Rasullullah Sallallahu Alaihi Wasallam : Kebersihan itu sebahagian daripada iman." (Riwayat Imam Muslim)

            Kedua, Islam merupakan sebuah cara hidup yang begitu indah. Selain aspek penjagaan kebersihan, pengharaman terhadap pemakanan haiwan-haiwan eksotik seperti kucing, ular dan biawak serta lain-lain merupakan satu hikmah yang tiada tandingnya. Ianya merupakan satu rahmat buat umat manusia sejak zaman-berzaman. Malangnya, aktiviti ini tidak pernah diambilberatkan oleh sesetengah kelompok manusia. Akhirnya, bala ataupun balasan ini terkena kepada seluruh umat. 

"Hai orang-orang yang beriman, janganlah kamu haramkan apa-apa yang baik yang telah Allah halalkan bagi kamu, dan janganlah kamu melampaui batas. Sesungguhnya Allah tidak menyukai orang-orang yang melampaui batas. Dan makanlah makanan yang halal lagi baik dari apa yang Allah telah rezekikan kepadamu, dan bertakwalah kepada Allah yang kamu beriman kepada-Nya" (Surah al-Maidah, 5:87-88).

            Ketiga, setiap penciptaan Allah SWT itu memiliki fungsi dan peranannya. Begitu juga dengan ciptaan virus. Biarpun sekecil-kecil makhluk bersaiz sebesar skala nanometer, ianya dicipta dengan penuh ketakjuban. Siapa sangka, sekecil-kecil makhluk virus ini mampu menyebabkan manusia huru-hara dan tamadun manusia malapetaka. Sudah pasti tujuan penciptaan virus ini ada hikmah yang tersendiri. Bagi seorang Muslim, kita perlu meyakini bahawa kewujudan makhluk virus ini dan kehancuran yang dibawanya merupakan salah satu ujian atau pun bala yang Allah SWT berikan supaya manusia kembali mengikuti suruhan-Nya dan meninggalkan larangan-Nya. Kita juga perlu menyedari bahawa terjadinya bala semua ini adalah disebabkan tidak lain tidak bukan hasil tindakan manusia sendiri yang rakus. 

Firman Allah SWT bermaksud: “Dan apa juga yang menimpa kamu daripada sesuatu kesusahan (atau bala bencana), maka ia adalah disebabkan apa yang kamu lakukan (daripada perbuatan yang salah dan berdosa) dan (dalam pada itu) Allah memaafkan sebahagian besar daripada dosa-dosa kamu.” (Surah ash-Shura, ayat 30)

            Yang keempat, perintah kuarantin yang dilakukan oleh pihak berkuasa hari ini bukanlah satu perkara yang baru bahkan ianya sudah lama dipraktiskan zaman-berzaman oleh pelbagai jenis tamadun termasuklah sewaktu pada zaman para sahabat dan kerasulan lagi. Pada ketika berlaku wabak ta'un, Saidina Umar Al-Khatab tidak memasuki kawasan yang terjejas dengan wabak taun dan kemudiannya ditanya oleh Amirul Mukminin, adakah kamu takut kepada qada’ Allah dan kamu lari daripadanya? Saidina Umar Al-Khatab menjawab: “Aku lari daripada qada’Allah kepada qadarnya.” Hal ini dinyatakan oleh sahabat yang lain, Abdul Rahman bin Auf yang menyebut hadis Nabi SAW        

 “Apabila kamu dapati terdapat penyakit taun di dalam mana- mana kawasan maka janganlah kamu mendekati kawasan tersebut, dan apabila kamu berada di dalam kawasan yang terkena taun, maka janganlah kamu keluar lari daripada kawasan tersebut.”(Riwayat Bukhari)

            Yang kelima, berlakunya wabak jangkitan koronavirus nobel ini dikaitkan dengan aktiviti pencampuran haiwan-haiwan liar dan juga manusia di pasar-pasar yang tidak dikawal selia baik. Islam mementingkan aspek pembasmian terutamanya apabila ianya melibatkan jangkitan penyakit. Benarlah sabda Rasulullah SAW:“Jangan didekatkan sesuatu (manusia ataupun binatang yang sakit dengan sesuatu yang sihat.” (Riwayat Bukhari)

            Yang keenam, dalam keadaan darurat, Islam tidak menghalang kepada proses pencarian penawar lagi-lagi terhadap suatu wabak yang mampu membawa kepada kematian kerana Islam itu sendiri sentiasa menjaga maslahah setiap umat terutamanya daripada aspek nyawa dan kesihatan. Dalam konteks sekarang, ubatan seperti vaksin dan ubatan menjadi suatu keharusan bagi menangani wabak koronavirus nobel. Terjadinya wabak seperti ini juga mengingatkan kita akan peri pentingnya Umat Islam dalam memiliki ilmu dan kepakaran dalam setiap bidang. Bidang-bidang fardhu kifayah ini perlu kita kuasai, bagi memastikan kita mampu berdiri sendiri dan berdaya saing dalam melakukan kajian dan usaha menangani pelbagai jenis jangkitan yang mungkin akan muncul pada bila-bila masa.

“Setiap penyakit mempunyai penawar, apabila penawar menepati penyakit tersebut, nescaya akan sembuh dengan izin Allah. (Riwayat Muslim)

            Akhir sekali, marilah sama-sama kita berdoa agar dilindungi daripada terkena wabak ini dan kembali bertaubat atas segala dosa-dosa yang telah dilakukan baik yang dilakukan secara senyap mahupun secara terus terang. Semua tindakan menangani wabak di atas tidak akan memberi sebarang kebaikan yang berterusan sekiranya kita mahupun masyarakat kita masih lagi bergelumang dengan kemaksiatan atau kemungkaran. 


------------------------------

Latar belakang akademik penulis:
Amin Rukaini Bin Mustafa
PhD in Biotechnology (Molecular Microbiology) (University of Cambridge, UK)
MSc. & BSC (hons) in Biotechnology (The University of Edinburgh, UK)